Grazie ai resti rinvenuti negli insediamenti romani di Pompei e Budapest ed alle descrizioni contenute in alcuni scritti di antichi cronisti, ci sono note le caratteristiche tecniche dell'organo primitivo all'epoca chiamato "Hydraulis"; questo termine è stato successivamente tradotto nell'espressione "organo idraulico". 

L'"Hydraulis" era alimentato da aria compressa attraverso pompe manuali in recipienti contenenti acqua, aveva una sola tastiera ed era già dotato di alcuni registri. L'uso che se ne faceva era essenzialmente profano; in particolare era impiegato durante gli spettacoli nei circhi.

Durante il primo millennio dopo Cristo, al primitivo strumento alimentato tramite pressione fornita dall'acqua iniziò a sostituirsi un nuovo tipo di organo, prototipo di quello moderno e principio dell'evoluzione che sarebbe seguita nei secoli successivi; ed è in quel periodo che l'organo iniziò ad essere considerato dalla Chiesa d'Occidente come strumento liturgico, contrariamente a quanto avvenuto in Oriente, ove ancora oggi l'organo a canne mantiene la sua connotazione profana e non è ammesso alla liturgia.

Risale al 757 d.C. una delle prime testimonianze dell'uso dell'organo in chiesa. In quell'anno l'imperatore Costantino V donò a Pipino, Re dei Franchi, un organo che fu poi collocato nella chiesa di Compiègne dedicata a S. Cornelio Martire.

Rispetto all'"Hydraulis" negli organi dell'Evo antico ad ogni tasto corrispondevano diverse canne in successione armonica che dovevano suonare sempre contemporaneamente, senza alcuna possibilità di scomposizione tra le varie file con un comando di registro.

Durante il Medio Evo la tastiera, dalle notevoli limitazioni primitive dovute ad una composizione di meno di due ottave, fu progressivamente sviluppata anche fino a quattro ottave e i tasti, in origine simile a grandi leve, assunsero la forma utilizzata ancor oggi. Ulteriori evoluzioni fondamentali seguirono negli anni XIV e XV con l'introduzione della pedaliera e la "riscoperta" (attraverso concetti e meccanismi differenti ma efficienti ed utilizzati ancora ai nostri gironi) della possibilità di dividere le sonorità attraverso il criterio del registro.

Le conseguenze immediate di tale riscoperta furono le profonde variazioni nella disposizione delle canne sul somiere, che assunse uno sviluppo per file ordinate, in maniera che ciascuna di essere fosse inseribile autonomamente. 

Già prima del rinascimento si delinearono le differenze costruttive che caratterizzano gli organi della varie zone europee nel corso dei secoli recenti: in Italia, fin verso la seconda metà dell'ottocento, rimane predominante un modello d'organo di dimensioni spesso contenute, raramente con più di una tastiera ma con divisione di molti registri in bassi e soprani, con predominanza di sonorità trasparenti e cristalline dei Principali e dei Ripieni; oltralpe si consolida il primato di organi di maggiori dimensioni, articolati in vari piani e corpi sonori corrispondenti a più tastiere, ove le sonorità dominanti possono essere quelle severamente solenni delle "Mixturen" (Germania), quelle brillantemente vivaci dei "Cornets" e delle "Trompettes" (Francia) fino alla squillante grandiosità della "Trompeteria" (Spagna), ossia delle trombe orizzontali in varie estensioni e timbriche.

Artefici dell'evoluzione dell'organo sino ai nostri giorni furono i numerosi artigiani organari diffusi in tutta Europa; in particolare limitandoci ai principali organari della tradizioni Italiana di scuola lombarda, citiamo per l'importanza della loro opera le famiglie Antegnati di Brescia, Serassi di Bergamo, Carrera di Legnano, Amati e Lingiardi di Pavia, Prestinari di Magenta.

Parallelamente all'evoluzione strutturale dell'organo si sviluppa un'immensa letteratura musicale a cui accanto a numerosissimi autori minori, collaborano autentici geni musicali quali Andrea e Giovanni Gabrieli, Girolamo Frascobaldi, Johann Sebastian Bach, César Franck, Max Reger, Franz Liszt,e in misura minore rispetto a quelli citati  anche Mozart, Brahms, Haydn e Mendelssohn-Bartholdy, i quali con la loro impareggiabile arte hanno scritto stupende pagine di musica che ci permettono di gustare la bellezza musicale dell'organo a canne, da Mozart definito il "Re degli Strumenti".